圆瑛大师融通教宗，对于禅净两门都有深刻的解悟与实践。他反复强调说，禅净二宗都是如宋所说法，只因众生根机不等，故而施设有殊：所以，禅净虽有二名，其实一理，归元无二，不可有所是非。对于禅净二宗施设之殊，大师进行了详细的比较，他说： 禅宗不立语言文字，直指人心，见性成佛，教人看一句话头，截堵意识不行。令见清静本然之心性。此为接上根者流，是圆顿修成之法，称为最上一乘，中下根人，未足以语此。 净宗不论智愚老少，教人但持一句佛号，念念相续，无有间断，以念止念，心中惟有佛，佛外更无心，念到一心不乱，即得往生。 总之， 禅则独被上根，净则普被三根；禅则惟凭自力，净则兼承佛力。

所以对于一般信徒，圆瑛大师首先劝说他们信修念佛法门。他常说： 诸位不要以聪明自命，好高骛远，把念佛法门认为是愚夫愚妇之事，或去参禅，或修其他法门。要知禅宗虽最上乘，只能独被上根，中下五分，收机不广。你我思量，是否上根利智；且参禅要破三关，全仗自力，断惑方得出离三界，三关未破，不能了脱生死，若隔生再来，只怕不能继续参禅，则前功尽废。 而念佛法门则除了 仗自己信力、愿力、净行之力 外， 更加弥陀愿力 。这样， 既有自他二力，纵然自力不足，还有佛力可靠，故曰修行以念佛为稳当。 此外，念佛法门之所以最适合于一般信众，还在于： 一切法门，欲了生死，须断惑业。惟念佛法门，不断惑业，亦可了脱生死，是为带业往生。 这也正是念佛法门的特色所在和极方便之处。同时圆瑛大师还认为，念佛如达到极致，则与禅悟无异。如说： 若论高深，则禅宗单刀直入，固推圆顿，而净宗达理之士，未必或逊。古德云： 忽然起念念弥陀，平时无风自作波，有念消归无念处，岂知无念亦为多。 此则有无双遣，一性圆明，与禅宗圆照清净觉相，无以异也。 大师七十五时作《禅净双修》诗，以自己的切身体会来说明禅净在最高证悟和境界上的一致。诗云： 禅净双修四十年，了知净土即深禅，有人问我其中意，云在青山月在天。

对于禅净二门的修行方法，圆瑛大师也有许多独到的、详细的阐发。

念佛法门，简单讲来 只要死心念去，即便成功 。但怎样死心的念去，却并不简单。对此，圆瑛大师提出了 念佛之法，当以意根念，莫用意识念 的根本方法，并对此解释说： 意本属心法，以意根之心系缘于佛，即诸根悉皆不动，故得都摄，其念乃净。以净念为因，得生净土为果，故称为净土法门。 又，念佛有四种，即 实相念佛 、 观想念佛 、 观像念佛 、 持名念佛 等。其中圆瑛大师对 实相念佛 尤为推崇。他说： 实相念佛，依实相理，念法身佛。法身清净，犹若虚空，遍一切处无相可得，本无能念之心相，亦无所念之佛相。能所双忘，心佛不二，即心是佛，即佛是心。若念实相佛，则无念而念，念即无念，一心不乱，湛然常住，是为理念。 这里，圆瑛大师显然把禅宗 即心是佛 、 无念无相 等悟法融进了念佛法门，它也是大师禅净双修中的心得体会。而要实行 实相念佛 ，则要从 不住有念 开始。所以大师说： 若能不住有念，进一步终日念佛，终日无念，了知能念之心，自体本空，所念之佛，了不可得，念到境寂心空，亦不住无念。更进一步，无念而念，能念之心，灵灵不昧，所念之佛，历历分明，念而无念。能念之心，心即是佛，不存心相；所念之佛，佛即是心，不存佛相；能所双忘，心佛一体，此则由持名而达实相，得成理一心不乱。